1、各领域发展不均衡
我国标准物质主要集中在钢铁、无机、工业材料等领域，在有机、生物、临床以及新材料、新能源等一些重要发展领域内的标准物质则相对比较缺乏。
相关标准物质的研制相对滞后，不少产物不得不依靠进口标准物质满足实验室检测要求。由于这些进口标准物质的生产者管理水平和技术能力不同，产物质量和量值准确性也不准确，还不乏国外试剂公司被当作标准物质公司的情况，难以确保我国测量结果的有效性和一致性。
2、管理上存在不协调现象
在标准物质应用方面，仍有使用没有经过认证，无制造计量器具许可证、无标准物质证书的标准物质的现象，因此，加强标准物质法制管理的力度也是亟待解决的问题。
另外，标准物质使用者在日常工作过程中没有严格按照标准物质证书上的要求贮存、使用标准物质，人为导致测量结果的偏差，因此需加强标准物质使用和管理的培训力度。
3、市场存在低价竞争现象
部分领域，国产标准物质低价竞争导致利润下降，生产厂家没有更多的资金投入产物研发和高技术人才的培养的问题，极大地限制了我国标准物质的长期发展和创新。
